Dezenfeksiyonun temel aşamaları şunlardır:

1. Depo Boşaltılması ve Temizliği: Depo içindeki su boşaltılır ve depo yüzeyindeki tortular, çamur ve kir fiziksel olarak temizlenir.

2. Kimyasal Dezenfeksiyon: Genellikle klor veya özel dezenfektanlar kullanılarak mikroorganizmaların ve zararlı patojenlerin yok edilmesi sağlanır. Dezenfeksiyon sırasında kimyasallar belirli bir süre suya eklenerek yüzeylerle temas ettirilir.

3. Durulama: Kimyasal işlem tamamlandıktan sonra depo durulanır ve içindeki kimyasal kalıntılar uzaklaştırılır.

4. Test ve Kontrol: Dezenfeksiyon işleminden sonra su kalitesi test edilir ve depo tekrar doldurulmadan önce suyun güvenli olduğundan emin olunur.